Di era pemerintahan Jokowi karier politik Trenggono melesat tanpa hambatan berarti, ia ditunjuk menjadi Wakil Menteri Pertahanan RI oleh Presiden Jokowi pada Oktober 2019 mendampingi Menteri Pertahanan Prabowo Subianto yang ditunjuk menggantikan posisi Sjafrie Sjamsoeddin.
Namun hanya setahun di Wakil Menteri Pertahanan, S-2 Ilmu Kebijakan Publik Institut Teknologi Bandung ini kembali diganjar jabatan baru, pada 23 Desember 2020 ia dapuk menjadi Menteri Kelautan dan Perikanan menggantikan Edhy Prabowo yang ditahan Komisi Pemberantasan Korupsi Republik Indonesia karena kasus pemberian izin ekspor benih lobster.
Setelah berakhirnya masa pemerintahan Jokowi, Trenggono kembali dilantik untuk jabatan yang sama di Kabinet Merah Putih milik Presiden Prabowo Subianto.
