Karirnya mulai menanjak pada 2017 setelah dirinya terpilih menjadi anggota Bawaslu RI. Di Bawaslu ia menjabat sebagai Ketua Divisi Pengawasan dan Hubungan Antarlembaga Bawaslu.
Lima tahun di Bawaslu Mochammad Afifuddin sempat gonta-ganti divisi termasuk sempat menjadi pejabat ex-officio di Dewan Kehormatan Penyelenggara Pemilu (DKPP) sebagai perwakilan dari Bawaslu.
Dengan segudang pengalamannya, Mochammad Afifuddin selanjutnya melangkah mulus sebagai Komisioner KPU periode 2022-2027. Di lembaga ini ia dipercayakan mengemban tugas sebagai Ketua Divisi Hukum dan Pengawasan serta Wakil Ketua Divisi Data dan Informasi.
Ia juga menjadi Koordinator Wilayah KPU untuk beberapa provinsi, yaitu Papua, Kalimantan Barat, Sulawesi Selatan, Lampung, Kepulauan Riau, dan Banten.
