Penyisipan Pasal 9A terkait penulisan pencantuman dan atau pengaturan unsur organisasi dapat dilakukan perubahan oleh presiden sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan.
Penghapusan penjelasan Pasal 10 sebagai akibat putusan MK nomor 79/PUU-IX/2011
Perubahan Pasal 15 dan penjelasannya terkait dengan jumlah kementerian yang ditetapkan sesuai dengan kebutuhan presiden.
Perubahan judul Bab 6 menjadi hubungan fungsional kementerian dan lembaga pemerintah nonkementerian, lembaga nonstruktural dan lembaga pemerintah lainnya.
