Jauh sebelum meraih kesuksesan di dunia politik, Arin sempat bikin kontroversi, ia terjadi ketika dirinya dituduh berupaya menggagalkan Sidang Umum MPR 1998 pelantikan Presiden Soeharto untuk ketujuh kalinya, karena ia melakukan pertemuan dengan sejumlah tokoh politik di Hotel Radisson, Yogyakarta.
Sebuah memo dari asisten Wakil Presiden kala itu, Sofian Effendi, menuduhnya berencana melakukan makar. Selanjutnya, ketika aksi mahasiswa semakin memanas, Arifin memberi bantuan konsumsi kepada para demonstran yang melakukan aksi di Gedung DPR. Ribuan kotak makanan dikirim. Tak heran jika kemudian muncul opini bahwa Arifin adalah tokoh di belakang aksi atau cukong para mahasiswa.
Tentang hal itu, dalam sebuah wawancara, ia mengatakan bahwa ia ingin mencegah terjadinya kekacauan.
"Saya katakan, salah satu yang membuat keadaan kita makin buruk adalah naiknya harga sembilan bahan pokok, sehingga muncul kerusuhan-kerusuhan. Kepedulian saya adalah jangan sampai hal itu berubah menjadi sentimen anti-Tionghoa, muncul permusuhan muslim-nonmuslim, dan merebak ke seluruh Indonesia. Kalau itu sampai terjadi, akan timbul situasi chaos dan korbannya bisa sampai jutaan. Hal itu menjadikan kita semua harus peduli dan mengambil langkah-langkah sebelumnya," kata Arifin Panigoro, dalam wawancara dengan D&R.
